上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女阿尔夏珠走到了蒙烈的尸体前，望着这个令她蒙受了巨大的耻辱又恨之入骨的年轻人的尸体，确定了他真的生机已绝之后她终于彻底的松了口气，没人知道她这些日子以来是生活在怎样的一种心灵煎熬之中，堂堂的雪狐大萨满却成为了他人的猎物，被人给一路追杀，如此耻辱和痛苦，却是她一生都无法释怀的了，哪怕蒙烈已经死去。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脫离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
